Впервые Федоровский монастырь упоминается в XV веке, но предполагают, что он основан ранее. До XVII века Федоровский монастырь был мужским, а затем преобразовался в женский. В конце XVII начале XVIII века развернулось бурное строительство монастыря - были возведены новые башни, кельи, колокольни. XVIII-XIX века - период перестройки монастыря.

В 1988 году архитектурный ансамбль монастыря был передан Академии Наук СССР. За короткий период времени были проведены большие реставрационные работы.

В 1989 году ИПС РАН передал строение Федоровского монастыря Никольскому женскому монастырю. Древнейшие сооружения - Федоровский собор, дата закладки 1557 год, Введенская церковь (1710), церковь Казанской богоматери (1714).