На разных глубинах озера формируются различные донные отложения. Они имеют большое значение для жизни обитателей озера. Состав донных отложений определяет разнообразие организмов, жизнь которых протекает на дне озера - это моллюски, личинки комаров, стрекоз и т.д..
Донные отложения формируются за счет поступления с площади водосбора органических и минеральных веществ, оседания на дно отмирающих растений и животных. Обогащение донных отложений биогенными элементами приводит к бурному развитию водорослей, уменьшению кислорода и влечет за собой заморы рыб.
Донные отложения в озере Плещеево представлены песком, илистым песком и черным илом.