В 1998 году Постановлением Правительства РФ N 777 от 17.07.98 "О национальном парке "Плещеево озеро" парк был переименован в национальный парк "Плещеево озеро". Он был признан особо охраняемой территорией федерального значения и передан в ведение и управление Федеральной службы лесного хозяйства России.

31 декабря 1998 года утверждено Положение о национальном парке, как природоохранном учреждении федерального значения. Уточнены границы, из границ национального парка исключена территория города Переславля-Залесского.

В 2000 г . НП "Плещеево озеро" перешел в новую структуру - Министерство природных ресурсов РФ, в ведение Департамента охраны окружающей среды и экологической безопасности.

Национальному парку передано 15271 га земель лесного фонда, 5963 земель водного фонда, 554 га земель сельскохозяйственного назначения, а также включено в границы парка 2002 га земель других землепользователей. Общая площадь национального парка составляет 23790 га.

Национальный парк находится на территории переславского муниципального округа Ярославской области, в центральной части Русской равнины, в бассейне Верхней Волги.

На территории парка расположены 7 памятников природы, 8 памятников археологии, 22 исторических и 94 архитектурных памятника, а также достопримечательные места, связанные с именами Юрия Долгорукого - основателя г. Переславля-Залесского, Святого Благоверного князя Александра Невского, Петра I, Ивана Грозного и других великих личностей в истории российского государства.

Национальный парк отличает богатство флоры и фауны. Здесь можно встретить 710 видов растений; 35 из них занесены в Красную Книгу России.

В парке насчитывается 60 видов диких животных, среди которых находящиеся под охраной олень-марал, косуля, белка-летяга, бурозубка-крошка.

Здесь обитают также 210 видов птиц, среди них есть и редкие -- серая цапля, серый гусь, лебедь-кликун и серый журавль.

В водоемах национального парка водится 16 видов рыб, среди них -- ряпушка, или "царская селедка".